姚荣泽当然不会认为自己杀了周阮，还能平安在山阳当县知事。但他也没想到外军来得如此之快，两天后，镇江军分府都督林述庆就派北伐支队一部来到山阳“平乱”镇军首领当然首先追查杀周阮凶手为谁，却被姚荣泽不知如何敷衍过去，而且卑词盛筵，每日款待镇军，满口答应找出凶手为二位烈士报仇。
稳住镇军，姚荣泽打开银库，分了部分银两给参与此事的士绅，自己带着巨款逃了。去哪方？南通张詧家。这应该是姚荣泽早就与老师丁宝铨商量好的退路。
而周阮的同事周人菊等人当日连夜逃出山阳，立即往上海寻人鸣冤。首先出面的是南社领袖柳亚子，他联合南社首脑上书同为南社社员的沪军都督陈其美，有“虏令无状，一日杀二烈士，不扑杀此獠，无以谢天下”之语。淮安学团也派出五十余名代表往上海请愿“一时军界、政界、学界，被害者家属的公函、公禀、呈文雪片般投向沪军都督府”
但是姚荣泽这边的势力也不弱。首先南通张詧拒不交人，丁宝铨在上海，也发动旅沪山阳绅商，为姚荣泽“辨诬”上海各报，根据背后势力不同，各执一词，合力掀起舆论的轩然大波。民国元年从一月到四月，报章上的报道与评论无日无之。
事情闹这么大，自然惊动了临时大总统孙文。孙文批令江苏都督讯办，于是江苏检察厅派人到南通拿捉姚荣泽，仍然被张詧拒绝——三大人绝无如此担当，他的态度，就是张謇的态度。
这场斗争的背后，实则仍是共和模式之争。江苏士绅要的是“咸与维新”推翻清廷，可以，但只要旧官吏可以任事，愿意合作，大可采用苏州模式，平稳过渡；而革命党人要的共和，岂是换汤不换药的守成？陈其美为首的同盟会，奋勇激进，在上海，在苏州，在南京，在浙江，在在都与绅商发生矛盾，在苏北亦是如此。即不论利益相关，革命党人的跋扈，也颇让从前居高临下的士绅憋气，柳亚子在悼念文字中也承认“两君赋性刚直，不能奄媚取容，而烈士（阮式）尤喜面折人过，不少假借，虎虎有生气，故忌之者尤烈云”山阳血案，是一次集中的爆发。
这里面还有一个法理之争，张詧坚持说，此案属地在江苏，不在上海，轮不到沪军都督陈其美过问。但同盟会与南社又不同意将姚荣泽交给江苏都督程德全（以程德全与张謇的关系，他们的担忧也颇可以理解）。
法律手段不能奏效，陈其美的白相人脾气又发作了，他让柳亚子拟了长电，发往南通，电文中说“如仍庇抗，则义旗所指，首在南通”还表明说：“如果诬姚，愿甘伏法”
士绅方面有些怕了。用柳亚子后来的说法是“倘若张詧再不就范，我们便不管三七二十一，要派兵舰去攻打南通了。老张见了这电报，知道英士（陈其美）是说得到做得到的”
在孙文进一步干涉下（大总统电明确指出“毋庸再行解交江苏都督”），姚荣泽被移往南京，又经过大量的往复交涉，才确定由南京、上海组成“临时合议裁判所”审理这场媒体口中的“中华民国第一案”
这场案件，带有很强的“舆论审判”的色彩。公开来说，因为革命党死了两名烈士，舆论大抵同情于周阮，而士绅集团在背后的活动也非常剧烈，包括能否使用外国律师，是否应用西方的陪审团制度，争执后来集中于制度而非案情，司法总长伍廷芳与陈其美往复辩难，不知打了多少笔墨官司。
民国元年2月11日，为了制造声势，给法庭施加压力，南社、淮安学团等组织在上海江苏教育总会召开“山阳殉义周实丹、阮梦桃两烈士追悼会”孙文、陈其美都送了挽联。孙文的挽联只表达了对“喋血于孔子庙中”“阴灵绕淮安城上”的痛悼之情，陈其美的挽联则斩钉截铁，杀气满盈：
“不忍见徐淮亡，以一身殉国；誓平反锻炼狱，为二公雪冤。”
3月23日下午，姚荣泽案在上海开庭。法庭经过23日、30日、31日三次的审判，最后判定姚荣泽死刑“自3月31日起，在三个星期内执行”
判决后，法庭给姚荣泽五分钟做最后陈述。姚荣泽申辩说：杀死周实、阮式并非出自本意，而系受地方绅团的逼迫所为，请求减刑。
十二人组成的陪审团也认为，本案发生在光复未定、秩序扰乱之际，与平静之时不同“该犯虽罪有应得，实情尚有可原”便决定由陪审员集体禀请大总统“恩施轻减”这时临时大总统已经换成了袁世凯，遂由张謇转请北京，特赦了姚荣泽。
姚荣泽“死而复生”令革命党人愤怒异常。他们大呼“天理何在？国法何在？”可是革命党在江苏的势力此时已无当三月前那么浩大，姚荣泽被特赦后即匿藏在上海法租界，同案如杨建廷等八人也消失无踪。你能怎么办？
山阳血案的终结颇有中国特色。民国二年七月，丁宝铨又出面了。他提出的调停条件是：由八名案犯捐出田产六百亩、现款二万元充作两烈士遗族赡养费，并修改一所二烈士祠堂，革命党方面不再追究往事。这个提议得到了两位烈士家属的支持——他们实在也很艰难，已到了“悬釜待炊”的地步，而且此时二次革命一触即发，国民党方面也没有力量再来理会此事。于是几经交涉，加了一个条件：此八人以后不得再过问地方事务。
祠堂建起来了，供奉着周实、阮式的塑像，有二百亩祭田供维持之用。另外，还配享着一位杨楚材。他在周阮死后，为同志奔走控诉，但无法雪冤，神经失常，在案结后独自再往南京控告，反被关押。南社友人救他出来，送他回乡。船走到半夜，杨楚材落入邵伯湖身亡，是自杀，还是失足？没有人知道。