清廷利用赵强被俘的事情作足了文章。他们一方面在全国各地张贴告示，散发传单，公告赵强已经投降了满清，清廷已经封赵强为西南王；还让各地的潜伏人员散布谣言，说赵强在太平教中的权力被李刚、尚大勇他们篡夺，一怒之下投降了满清；还有谣言说赵强早就做了清廷的奸细，当年就是他抢走了陈圆圆，又嫁祸给李自成，才逼迫吴三桂投降的清军；也有谣言是说陈圆圆是清廷的卧底，李自成、吴三桂都是败落在她的手上，这次赵强投奔满清也是被陈圆圆的美色所诱惑，一时间谣言四起，世人议论纷纷，有信的、有不信的、也有疑惑不解的，但是汉人抗清的领袖到了满人那里却是不争的事实。清廷还模仿赵强的笔迹和语气给各级太平军的将领官员们以及南明朝廷的官员写信，让他们放弃抵抗，投降清军。
赵强在太平军内部和民间的威望甚高，他的失踪给太平军内部造成了极大的混乱，不少教众心灰意冷，选择了逃避，各地都有教众和官员退出太平军。南明小朝廷一直对太平军的发展壮大心存顾忌，加上满清已经提出要和他们议和，此时也抓住这个借口，下令限制太平军的发展，各地的督抚也纷纷同太平军划清界限，开始限制境内太平教的发展，连卢象升和张晓东也对外声明同赵强没有瓜葛，南方的抗清阵营四分五裂，太平军陷入孤立，士气低落，战斗力急剧下降。
清军则抓住这个难得的机会突然分三路发起了大规模的进攻，一路攻打四川的张献忠，进逼贵州，一路进逼襄阳，威胁华中数省、一路由山东起兵，攻打江苏，直接威胁南明小朝廷的首都南京。
这年九月，清军西路军攻占四川，张献忠兵败自杀；十月清军突破明军的长江防线，将左良玉编练的南明新军击溃，一路南下，占领南京；十月清军重兵猛攻襄阳，一个月后，襄阳陷落，山西营全军覆没，卢象升兵败自杀。两个月后，太平军在湖州大败，后撤到云南广西，武昌陷落，湖北全境落入清军的魔爪。
此次清军南下的战役由多尔衮亲自指挥，他在满清的贵族们的支持下，公然违抗皇太后的旨意，暗地里恢复旗奴制度，为了鼓舞士气，解决粮饷的供应，多尔衮命令前线将领就地解决兵员和粮饷问题，改变了以往不许扰民的宗旨，这等于为八旗兵劫掠百姓开了口子。八旗兵本就嗜杀成性，得到了上官的默许以后，如同闻到血腥的苍蝇一般，变的更加疯狂，每占一地都要大肆的烧杀抢掠，遇到抵抗强烈的城镇，攻占以后还将城中杀的鸡犬不留，以示惩戒。清军的残忍行径一方面激起了各地百姓的激烈反抗，另一方面也引起了以皇太后为首的一批朝廷大臣，尤其是汉臣们的强烈不安。皇太后以皇上的名义几次对前线的八旗将士下谕旨，申斥残暴杀害汉人的行为，但是那些骄兵悍将们有摄政王多尔衮撑腰，根本不把未成年的皇帝放在眼里，依旧我行我素，暴行逾演逾烈！
前线的八旗兵到处劫掠财物，收获颇丰，在京城的满清王公贵族们看着眼红，他们联名给多尔衮写信，强烈要求朝廷能准许他们在北方几省以圈地的办法来扩大领地和旗奴数量，以弥补在长年战争中造成的亏耗。多尔衮为了笼络八旗旗主和王公贵族，答应了他们的要求，并指示户部将北方各省比较肥沃的田地划分给八旗旗主和贵族们，一时间圈地之风迅速在北方各省刮起来，大片田地被满人强行霸占，很多汉人被赶出家园，流离失所或者沦为旗奴，刚刚平静了两年的中原各省又急剧动荡起来。
多尔衮的所作所为已经完全背离了皇太极当初定下的基本国策，皇太后玉儿恨的咬牙切齿，但又奈何不了他，皇帝年纪尚小，还没有亲政，朝政都在多尔衮手中把持，各地的官员也都是由他任命，大清的兵权全部掌握在他手中，连同京师直隶的旗营也是多尔衮的亲信担任统领。玉儿跟随皇太极多年，已经深谙治国之道，她知道如果这样下去，大清即使打下了江山也会是千疮百孔，根本就无法治理，满清的结局或许会比崇祯的下场还惨，这个烂摊子幼小的皇帝是根本就收拾不了的。而多尔衮这么做，其实是通过战争来向自己示威，来要挟皇帝退位！情急之下，皇太后想起了赵强，如果赵强能够归顺，那就可以在朝中制衡多尔衮，如果赵强不肯降，那索性将他放了，让他在野，也一样能牵制多尔衮。